Yaşam, biyomoleküllerin nano düzeydeki etkileşmeleri sonucunda ortaya çıkmıştır. Yani, hücrelerin çalışma prensipleri, biyomoleküler etkileşimlerde gizlidir. Bu gizi çözmek için kullanılan yöntemlerden birisi, biyomoleküllerin oluşturdukları kompleks yapıların çözülmesidir. Biyomoleküler kompleks yapıların çözülmesi sonucunda, bir hastalık oluşurken nelerin yanlış gittiğinden, o hastalığı tedavi etmek için hangi ilaçların geliştirilmesi gerektiğine kadar kapsamlı bilgiler elde edilebilir.

Kısa süre önce İBG’de çalışmaya başlayan Yrd. Doç. Dr. Ezgi Karaca, EMBL’deki meslektaşları ile birlikte, büyük protein-RNA komplekslerinin yapısını çeşitli deney verilerini kullanrak, basit ve etkin bir şekilde hesaplayabilen M3 (Model Molecular Machines) adında entegre bir yapı belirleme protokolü geliştirdi. M3 projesinin ekip lideri Prof. Teresa Carlomagno (Helmholtz Enfeksiyon Araştırma Merkezi), “Veriler, örneğin mutasyon analizleri, NMR spektroskopisi, elektron mikroskobisi, kütle spektrometresi veya evrimsel korunma kaynaklı olabilir (Şekil 1). Bütün bu yöntemleri bir araya getirerek, büyük kompleks yapıları M3 ile hesaplamak mümkündür. M3 platformu, ayrıca, verilerin yeterli olmadığı durumlarda daha fazla deney yapılması gerektiği konusunda bilim insanlarını yönlendirme özelliğine de sahiptir.” dedi. Bu önemli haber Helmholtz Enfeksiyon Araştırma Merkezi (https://www.helmholtz-hzi.de/en/news_events/news/view/article/complete/easier_decoding_of_unknown_protein_complexes/) ve Utrecht Üniversitesi (https://www.uu.nl/en/news/new-platform-for-elucidation-of-large-protein-and-nucleic-acid-structures-in-infections) tarafından bilim dünyası ile paylaşıldı.

M3 platformunu akademik araştırmacılar ücretsiz olarak temin edebilir. Çalışmanın ayrıntıları geçtiğimiz hafta Nature Methods dergisinde yayınlandı.

Şekil 1: M3, moleküler makinelerin yapısını belirlemek için farklı kaynaklardan deneysel verileri birleştirebilir.

M3 PLATFORMU

M3, farklı kaynaklardan elde edilen deney verilerini kullanarak kompleks biyomoleküllerin atomik yapısını hesaplayan kullanıcı dostu bir platformdur. Platform, Prof. Alexandre Bonvin (Utrecht Üniversitesi) tarafından geliştirilen HADDOCK yazılımı çevresinde oluşturulmuştur. M3 protokolünü HADDOCK ile birlikte çalıştırmak için gereken ek dosyalar için https://github.com/ezgikaraca/ISD-files adresini ziyaret edebilirsiniz.

YAYIN

Ezgi Karaca, João P.G.L.M. Rodrigues, Andrea Graziadei, Alexandre M.J.J. Bonvin, Teresa Carlomagno. M3: moleküler makinelerin yapısal belirlenmesi için bütünleyici bir platform.
Nature Methods, 2017, DOI: 10.1038 / nmeth.4392.